碳源對微生物生長代謝的作用主要為提供細胞的碳架，提供細胞生命活動所需的能量，提供合成產物的碳架。碳源在制作微生物培養基或細胞培養基時有重要的作用，為微生物或細胞的正常生長，分裂提供物質基礎。

微生物培養能源物質通常來源于碳水化合物，也稱之為碳源，常見的有醋酸鈉，葡萄糖，蔗糖，還有乳糖，棉子糖等。主要有兩個用途，一個是作為能源物質直接分解掉，另一個是作為原料合成其他物質。

用于污水處理的碳源有甲醇、乙酸、葡萄糖、面粉、醋酸鈉等簡單有機物，但是這些東西都有相應的缺陷，且價格不低。隨著適用于城市污水以及工業廢水，補充污水中碳源，調節微生物菌種脫氮所需營養。現在有新型的復合碳源是一種、快速、低耗、無毒的小分子碳源補充劑，兼具幾種外加碳源藥劑的優點，化學性質穩定，反硝化速率快，污泥產量低，污泥菌種適應快，脫氮效果好，處理成本低于其他幾種常規碳源藥劑，適用于污水廠的應急投加處理，滿足水質排放要求的同時達到最大經濟效果，是一種穩定的低成本碳源補充劑。