醫院污水中復雜的物質就是病菌，實驗研究每升水中含有數百萬個病原體，有很多醫院污水中還有放射性物質，對于醫院水經常先進行消毒預處理，主要就是臭氧消毒。

醫院污水處理不達標一直是危害環境的重要因素。經過有關部門長期調查研究顯現醫院污水處理不徹底主要有下列因素。

1、分類廢水所使用藥劑為了減低成本都是有很強針對性。從而造成各分類廢水處理良好，綜合水還是處理不達標。

2、為水質清澈和降低成本使用大量石灰。但是卻產生大量污泥，往往廢水處理成本中30%---40%是處理污泥所產生。

3、來水PH值變化大，反應池PH控制不穩定。PH不穩定造成沉淀池渾濁。出水水質也跟著不穩定，時好時壞。

4、水處理人員責任心不強，操作不夠細心，不注重細節。比如：來水有問題，不及時停機進行應急處理。各種儀表、探頭不經常校正清洗。配制藥品濃度不按大型醫院污水處理工藝要求配制，為了省事，私自把濃度提高。

5、表面醫院污水二級處理行業的產品進行表面處理前，必須先經過大量的前醫院污水一體化處理，這其中使用的除油粉里含有乳化劑，而大量的乳化劑不但影響COD的含量，而且影響沉淀池的礬花絮凝，成泥不理想，致使沉淀不好，大量懸浮物跟隨上層清水流出沉淀池，在PH回調的時候重新溶解進水里，結果造成排放口重金屬離子超標。

那么對與放射性廢水就會用衰減法處理。所以這類型污水要用專門池子統一儲存起來，貯存時間為10倍于半衰期，把放射性濃度降到容許排放的程度。如果放射性污水的濃度很低，水量很小，也可用稀釋法處理。不宜用貯存法和稀釋法處理時，可用蒸發法、離子交換法或凝聚沉淀法進行分離濃縮處理。